在全球顶尖的500台超级计算机中，有约60%安装了Linux操作系统，其余30%是Unix操作系统，还有少部分是AIX操作系统、FreeBSD操作系统和微软操作系统等。
从数据统计可以看出，Linux在超级计算机操作系统中占了绝对优势。
首先我们先来了解一下Linux操作系统：Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，是一个基于POSIX和UNIX的多用户、多任务、支持多线程和多CPU的操作系统。它能运行主要的UNIX工具软件、应用程序和网络协议。它支持32位和64位硬件。
总的来说Linux操作系统如此备受青睐有如下四个原因：
1、Linux操作系统的高性能运算为超级计算机发挥作用提供了坚实的基础，也是超级计算机系统不可或缺的特质之一。
2、Linux操作系统是“开放源代码”，这意味着使用者可以根据自身的需要，适当的修改代码，从而达到所需要的目的。
3、Linux操作系统是没有授权费用的，这就会大大降低制造超级计算机的成本，这也为超级计算机走向商业化做了很好的铺垫。假使使用其他操作系统，昂贵的授权费用在研制阶段或许可以承担，但走向商业，前途就会一片渺茫。
4、Linux操作系统有着很好的兼容性，几乎可以在任何硬件上都顺畅运行，减少了许多不必要的麻烦。
目前中国的超级计算机都是采用的Linux操作系统，从几年前的天河二号到如今世界第一的神威太湖之光，都是基于Linux操作系统建设的。
