顾险峰教授:解读医学影像配准的基本算法

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2018年09月09日 17:16

本文来自“老顾谈几何”,作者顾险峰教授,雷锋网经顾险峰授权转载。

顾险峰教授,美国纽约州立大学石溪分校计算机系和应用数学系的终身教授,也是清华大学丘成桐数学科学中心访问教授。曾获美国国家自然科学基金CAREER奖,中国国家自然科学基金海外杰出青年奖(与胡事民教授合作),“华人菲尔茨奖”:晨兴应用数学金奖。

丘成桐先生和顾险峰博士团队,将微分几何,代数拓扑,黎曼面理论,偏微分方程与计算机科学相结合,创立跨领域学科“计算共形几何”,并广泛应用于计算机图形学,计算机视觉,几何建模,无线传感器网络,医学图像等领域。目前已经发表二百篇余篇国际论文,学术专著包括“Computational Conformal Geometry”(计算共形几何), “Ricci Flow for Surface Registration and Shape Analysis”等。

以下是顾险峰教授著作的原文:

纽约长岛有着得天独厚的自然条件,这里气候温润,海岸线漫长。美丽的石溪大学坐落在长岛中部,坐拥一片私人海滩。这片海滩不为人知,空旷寂寥,深沉静谧。学校师生经常来这里沐浴海风,远眺大洋,特别在黄昏时分,在落日余晖中参省冥思,体悟自然真理。

1970年代初期,年轻的化学系助理教授Paul Lauterbur博士经常带着他的女儿来这里散步思考。有一天,三岁的小女孩在岸边捡到了一只微小的黑色蛤蜊,Paul为这只蛤蜊拍摄了人类历史上第一张活体断层图像。很可惜,短视的石溪大学拒绝为Paul的发明申请专利,专家们一致认为“这项发明可能带来的转让费不会弥补专利申请费。”最终,石溪失去了Lauterbur博士,也失去了经济上腾飞的一次机遇。历史是公正的,因为发明了核磁共振断层扫描技术,Paul Lauterbur博士于2003年获得诺贝尔医学奖。

数十年来,核磁共振技术和CT断层扫描技术彻底地革命了医学,医学影像技术使得医生可以直接看到病人体内,从而精准地进行诊断,制定治疗方案,检验治疗效果。很多病变都会诱发器官组织的变形,或者由器官变形所诱发,例如大脑皮层的萎缩退化诱导老年失智,各种肿瘤会在器官表面形成凸起,骨质流失会引起骨骼的变形。因此,医生可以通过精确比对器官的几何形状,来判断脏器是否反常;通过分析肿瘤的几何特征,来判断肿瘤的良性恶性。这些可以归结为医学影像的配准(registration)和分析(analysis)问题。

医学影像是一个非常庞大的学科,有种类繁多的计算方法。图像配准的方法也是异常丰富,理论严谨,富有实效。从基础的方法论角度而言,比较普适的主要有基于微分几何的方法,基于流体力学的方法和基于概率测度理论的方法。虽然,这些途径中问题提法、数学工具、计算机算法非常不同,但是最终都可以归结为几何偏微分方程,进而转换为变分优化问题。这三种方法各有优缺点,相辅相成,都有很大的实用价值。每种方法都在迅猛发展,分支众多。下面,我们简略讨论这三种方法的核心思想和最简单的算法。每一种方法深入下去,都是一片浩瀚的海洋。

微分几何方法

首先,我们从医学图像中提取我们感兴趣的器官,表示成二维曲面或者三维实体。例如,我们希望研究大脑皮层曲面。首先得到整个颅部的核磁共振断层扫描图像;然后对每个断层的图像进行分割(segmentation),将不同的组织进行区分,将骨骼、脑灰质、脑白质分开;其次,提取我们感兴趣的组织轮廓(contour),主要是脑灰质;然后将每个断层图像中的轮廓线摞在一起,组合成封闭曲面。当然,实际算法远比理想描述复杂得多,每一步都会引入大量的几何、拓扑误差,需要精细而严密的方法以提高稳定性和精度。

图1. 从医学图像中重建的大脑皮层曲面(王雅琳)

图2. 基于共形几何的曲面配准方法

图3. 曲面单值化

第二步,我们首先将标准空间的自同胚用拟共形映射(quasi-conformal map)来表述。所有的K-拟共形映射构成的空间具有紧性,可以保证解的存在性。每个自映射可以用Beltrami微分来表示,因此我们在Beltrami微分空间中对相应能量进行变分,构造能量极小序列,从而求得极限。这里问题的关键在于如何将限制条件用Beltrami微分来表示,和如何求得欧拉-拉格朗日方程。如果我们要求解是同胚,则Beltrami 微分的模小于1,如果我们要求解保持共形结构,则Beltrami微分和源曲面上的全纯二次微分作用为0,等等。很多时候,解的唯一性和正则性依赖于目标曲面上的高斯曲率。例如,曲面间度为1的调和映射,如果目标曲面上的高斯曲率处处为负,则必为微分同胚。再如,曲面间映射的任意同伦类中存在唯一的Teichmuller映射,使得曲面共形结构畸变最小。调和映照和Teichmuller映射在医学图像配准问题中被经常使用。在求解这些映射过程中,曲面的拓扑、黎曼度量和共形结构经常被灵活变化,从而达到最优的目的。

图4. 腰椎骨质流失测量,共形几何方法(雷诺明)

流场方法

大形变微分同胚度量映射(LDDMM)方法考虑空间中的流场,每个粒子在空中流动,每一刹那的流场用粒子的速度向量场来描述。固定时刻,粒子从起始位置到达终点位置,这给出了空间到自身的微分同胚。

欧氏空间的微分同胚变换群记为:

微分同胚群中的右不变距离为:

等价地,我们可以用流速场来表示同样的能量:

图5.孕期婴儿大脑皮层36周到43周的生长情况(Laurent Risser, LDDMM 方法)

概率测度方法

从根本层面上而言,CT图像和MRI图像反映的是人体内部组织的密度。由此,我们可以将医学图像的灰度值看成是概率测度。两个图像之间的匹配应该满足如下条件:密度相近的点彼此对应,每个原像点和其像点的距离尽量接近。从这个角度出发,人们提出了基于最优传输理论(optimal transportation theory)的图像匹配方法。

雅克比方程的解有无穷多个。每个映射的传输代价定义为:

我们的蒙日-安培方程:

图6. 大脑白质图像匹配(Allen Tannenbaum,最优传输方法)

小结

这三类方法基于不同的物理和几何的理解,所用的理论工具相距甚远,风格迥异,各有千秋。

基于微分几何的方法有着强烈的几何直观,只用黎曼度量,不需要流形在欧氏空间的嵌入,洗练简洁,严密普适,计算效率较高。但是需要比较抽象的黎曼几何概念,需要先从图像中提取器官曲面。基于流场的方法直接灵活,适用于各种数据类型,但是需要流形的嵌入,形变过程中曲面不允许自交。同时为了二维曲面匹配,需要计算三维背景空间的自同胚,计算量较大。基于最优传输的方法兼顾物理直觉,可向高维直接推广,但是所解方程高度非线性。另一方面,这几种方法具有内在的密切联系:最优传输的蒙日-安培方程和微分几何中的Alexandrov定理等价;最优传输存在流体力学的解释。总之,所有方法都是在微分同胚群中进行优化,问题具有本质的难度。

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微分 曲面
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